L’Oratorio del Crocifisso fu realizzato nel 1562 per ospitare le riunioni della Confraternita che si occupava del culto del celebre Crocifisso ligneo quattrocentesco, ritenuto miracoloso per aver fermato la terribile peste del 1522, e tornato agli onori delle cronache nel 2020 quando Papa Francesco lo ha fatto portare in San Pietro durante l'epidemia di covid-19. Il progetto dell'Oratorio venne finanziato dai Cardinali Ranuccio e Alessandro Farnese e fu assegnato all'architetto Giacomo Della Porta. L’interno è completamente affrescato con temi tratti dalla Storia della Vera Croce di Jacopo da Varazze (gli stessi di Piero della Francesca ad Arezzo) e dalle vicende che narrano la storia della Confraternita. Vennero eseguiti, con l’apporto significativo di Tommaso de’ Cavalieri, intimo amico di Michelangelo, dai migliori artisti del tempo quali Giovanni de’ Vecchi, Cesare Nebbia, Niccolò Circignani, Baldassarre Croce, Cristoforo Roncalli e Paris Nogari. Nel tempo l’Oratorio divenne anche un rilevante centro musicale noto come Oratorio latino ed ospitò Pierluigi da Palestrina, Giacomo Carissimi e Alessandro Scarlatti. La visita permette di ripercorrere, nel contesto del cruciale periodo della Controriforma, la storia interessantissima delle processioni, delle sacre rappresentazioni e del culto che si tributava alle immagini miracolose.